Ada tiga organisasi di Khairul Falah adalah OSIS, KIR, dan UKS. Tak seperti di sekolah yang lain, di Khairul Falah
ketiganya telah menjadi organisasi semi independen, artinya salah satunya tidak
menjadi bagian struktural di bawah organisasi lain, masing-masing memiliki
program, kegiatan dan struktur tersendiri.
Sistem keorganisasian madrasah
yang demikian itu menurut kami baru. Mengenai efektifitas dan efisiesinya tentu
saja jika dimaksimalkan akan bagus. Penerapan formula dan pelaksanaannya di MA
Khairul Falah tentu masih harus ditingkatkan dan diinjeksi agar segala apa yang
dilaksanakan dapat efektif dan efisien.
